为了防御倭寇的侵扰，同时也为了对付和消灭当时还在辽东地区盘踞着的元朝残余势力，明朝建立后，洪武四年，洪武皇帝在辽东设置定辽都卫，洪武八年，洪武皇帝又下令定辽都卫改为辽东都司。设辽东都指挥使司，简称辽东都司，是明朝在辽东地区设立的军政机构，在建制上属于山东承宣布政使司，又称山东行都司。治所在定辽中卫。镇守总兵官驻广宁。辽东都司统辖二十五个卫，二个州。辖区东起鸭绿江，西抵山海关，南达旅顺口，北至开原。

辽东都司的建立，对保卫辽东有着十分重要的意义，它是连接中原地区和奴儿干地区的中间环节，又是辽东地区的安全保障。金州卫是辽东都司辖下的辽东第一个卫，东至黄海岸一百里，西至渤海湾三里，南至旅顺口一百二十里，北至普兰店九十五里。

金州卫领军5600人，下辖6个千户所，每千户所领军1120人，千户所下辖9个百户所。当时的都督耿忠在这里建筑过土堡，以加强辽东的防务。同时，洪武八年又设立了复州卫，下设左、右、中、前四千户所，共同守卫州城，全部置于城内。

金州卫和复州卫统归辽东都司管辖。为了满足防卫的需要，在金州和复州地区建有砖城、石城、土城近20座。金州城、复州城都是砖城，是州（卫）的治所。旅顺北城（金州中左千户所驻地）、旅顺南城（储存军需），还有军事城堡望海埚城、红咀堡城、归服堡城、黄贵城、永宁监城、羊官堡城，辽东驿站有木城驿城、石河驿城。其余有旅顺土城子城、金州王官寨城、庄河李屯城、土城子城、丁石城、谦泰城、普兰店孛兰堡城等。此外，还筑有烽火台100多处，对防御倭寇起到了重要作用。

然而，明朝朝廷的防卫并未能阻挡制止倭寇对辽东的进犯侵扰。据《明史》、《明太祖实录》、《筹海图编》等史籍记载，仅倭寇袭扰劫掠金州等处辽东沿海地区就有多次：

“洪武二十年十月，倭寇侵犯辽东，进犯金州”；“洪武二十六年，倭寇进犯金州”；“二十七年，倭寇进犯金州”；“二十八年四月，倭寇进犯金州”。

整个的辽东地区无不惨遭倭寇蹂躏。据记载，洪武三十年，辽东沿海海运因倭患被隔绝。永乐九年，倭寇多次侵扰金州卫等地，烧杀劫掠，无恶不作。当时“倭乱”的严重性，已不仅限于劫掠民间财物，而是猖狂地发展为截断明朝海道，阻断辽东海运，袭击明军兵营，威胁海疆安全。

整个的洪武年间，辽东地区的地方官都严格奉行防倭禁海诏令，在金州、复州等地修筑抗倭城堡，不断增加卫所部队的人数，扩大卫所规模，加强防御力量。永乐大帝明成祖朱棣即位后，明朝的政治中心移到北方，所以对作为“京师左臂”的辽东防倭更为重视。永乐大帝不仅加固了复州城，增修了金州旅顺南城和北城，还对复州永宁监城进行了修整，在那里蓄养军马，实行屯田，筹集粮草，训练军队，并于永乐九年三月任命心腹爱将中军都督刘江出任辽东总兵，负责辽东防务，主管当地海防工作。