汉灵帝大赦党人，要求各公卿捐出马、弩，推举众将领的子孙及民间有深明战略的人到公车署接受面试。

卢植领副将宗员率北军五校士负责北方战线，与张角主力周旋；皇甫嵩及朱隽各领一军，控制五校、三河骑士及刚募来的精兵勇士共四万多人，讨伐颍川一带的黄巾军，朱隽又上表召募下邳的孙坚为佐军司马，带同乡里少年及募得各商旅和淮水、泗水精兵，共千多人出发与朱隽军连军。

庚子日，张曼成攻杀南阳郡守褚贡，响应张角。

汉军首战并未得利。四月，朱隽军就被黄巾波才所败而撤退，皇甫嵩唯有与他一起进驻长社防守，被波才率大军围城，汉军人少，士气低落。又汝南黄巾军在邵陵打败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋及太守刘卫，黄巾军并未因汉室的动作而有败退的迹象。

五月，京师见皇甫嵩被围，派曹操率军救援。皇甫用计火攻围城的黄巾军，又与朱儁、曹操等率军三面夹击，斩杀数万人，汉军大胜。

六月，南阳太守秦颉斩杀了张曼成。黄巾军改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。

皇甫嵩与朱隽、孙坚继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，余军逃往宛城。

另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人，张角撤到广宗。卢植围困张角，将可攻下城池，正值灵帝派左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车拘拿卢植回京治罪。并命皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而与此同时，五斗米道在巴郡叛变，未受汉室重视。

朱隽与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但连续三个月不能攻克，京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才未予追究。朱隽急攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱隽又设计打败韩忠。

黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。但朱隽不予受降，认为百姓会因此有利为贼，无利乞降，并急攻敌军。最终大破黄巾军，斩杀万多人，杀死韩忠。这举动令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。朱隽再次急攻，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。

另一方面，皇甫嵩到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。而董卓进攻张角不成功，无功而还。

张角病死，皇甫嵩北上广宗与张梁战斗。首战不克，翌日，皇甫嵩乘夜进兵，在黎明时份突袭，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，余者逃走到河堤时溺死者五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。

十一月，皇甫嵩与钜鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人，黄巾之乱平息。