但是，历代学者如唐代孔颖达、宋代朱熹、清代方玉润等，对孔子删诗说均持怀疑态度。如方玉润在《诗经原始》的序言中说得很清楚：

且孔子未生之前，《三百》之编已旧，孔子既生而后，《三百》之名未更。吴公子季札来鲁观乐，《诗》之篇次悉与今同。（惟《豳》次《齐》，《秦》又次《豳》，小异），其时孔子年甫八岁。迨杏坛社教，恒雅言《诗》，一则曰“诗三百”，再则曰“诵诗三百”，未闻有“三千”说也。厥后自卫反鲁，年近七十。乐传既久，未免残缺失次，不能不与乐官师挚辈审其音而定正之，又何尝有删《诗》说 哉？

方玉润通过文献和史实的梳理，认为孔子不可能完成删诗的工作。吴公子季札到鲁国时，乐工演奏了《诗经》，其中的十五国名和风、雅、颂的次序与我们今天所见的《诗经》基本一致。也就是说，吴公子观乐时，《诗经》的篇次已经固定了，音乐也配上了。而那一年孔子才八岁。八岁孩童怎么能完成“合于礼义”的删诗之重任呢？这成为否定“孔子删诗”说最为有力的证 据。

那么，孔子在《诗经》的成书过程中起到了什么作用？根据现有材料，一般认为：在孔子时代，《诗经》已经编订完毕，并已经配上了音乐，但孔子进行过正乐工作。正如《论语·子罕》记载，“子曰：‘吾自卫反鲁，然后乐正，雅、颂各得其 所。’”

总的来说，根据古人的记载，我们可以知道的有两点。首先，《诗经》中的作品有两个来源。第一个来源是民间，即采诗官采集而来的，这些诗篇多保存于《国风》中，它的作者是普通老百姓。不过，这些采自民间的诗歌需要经过乐官的配乐，才能演奏给天子听。或许老百姓的诗歌也是有音乐的，但也需要经过乐官的调整，因为音乐是身份的象征，天子乐和民间乐是不一样的。《诗经》作品的第二个来源是当时的公卿贵族创作的诗歌，这些诗篇主要见于《雅》和《颂》，其作者是贵族知识分子，它们的最后成形需要经过乐官配乐。

其次，《诗经》的编订是一个漫长的过程。采诗官采诗、公卿贵族献诗，这些诗歌经过乐官配上音乐之后，最后都将演奏给天子听。从采诗观风俗的目的来看，所采之诗必然是非常多的。采集来的诗也不是直接演奏给天子听，还必须经过乐官配乐，乐官在《诗经》的成书过程中的作用不可忽视。但是，采诗、献诗及乐官配乐所定的诗歌，在流传的过程中可能产生了讹误，孔子在教授的过程进行过某些正乐工作，从而有了孔子“删诗”之说，至于孔子究竟是删除整首诗，还是删除某句诗，或是删除某些文字，具体情况不得而知。

总之，经过采诗、献诗、配乐、正乐等漫长的发展过程，《诗经》成为我国第一部诗歌总集，共三百一十一篇。其中有六篇是有目无辞的，包括：《南陔》《白华》《华黍》《由庚》《崇伍》《由仪》。